• [Project G]先週うまく読めなかった試料について再度シーケンス。さらに新たに24コロニーをつついて、コロニーPCRでインサートをチェック。増えたバンドから適当な長さのものを切り出してシーケンス用に抽出。明日もシーケンスだな。
  • シーケンサーのメンテナンス。ポリマーの補充。最初はメンテナンス一つにもマニュアル首っ引きで恐るおそるだったが、もうだいぶ慣れてきたな。
  • [Project G]in silicoPCR(つまりデータベースの正規表現検索)で抽出してきた配列について、むかし作ったDNAをアミノ酸に翻訳するPerlのフィルタを少し改良して、ORFのチェック。
  • このプロジェクトでいまクローニングしようとしているのは、マルチコピーの遺伝子で、そのうちのいくつかは変異を起こして「死んで」しまっている。我々が欲しいのは死んでいない配列の方なのだが、いま使っているPCRプライマーでは、変異のない生きている配列と死んだ配列の両方が増えてしまう。ということで、検索結果を眺めながら、変異のない配列だけをうまく増やせる方法を考える。プライマーをもう一組設計してNested PCRをかけるのが常套手段だろうが、ATリッチぎみで今ひとつプライマーに適当な配列がないので、flanking配列の範囲を広げて、再度計算させる。
  • K君の卒論はなんとか無事に提出された模様。あとは口頭発表までにどれだけきれいなデータが出せるか。