[Project F]昨日から卵母細胞へのmRNA注入実験を再開した。 [Project F]アッセイ用のバッファ作り。参考文献を見つつ組成を考える。Hepesバッファのストックがあったはずと思ったら切れていたので調製。pHメータが壊れてまだ届いていないので隣のラボに借り…

[Project T]カエルでの解析の結果をgnuplotで描画したものを次々と眺めていくが、有望そうなパターンは皆無ではないがとても少ない。１割にも満たないのではないか。とりあえずこれらをチェックしてみることにするが、条件を変えて再度検索しないといけない…

[Project T]今日もせっせとプログラミング。これで一応、全体の流れは完成したと思う。あとは出てきた結果を目で見て確かめる。

[Project T]データベース解析の全体の流れがだいたい出来上がったので、ここ数日はこれまで作成してきた解析スクリプトを整理しながら、パラメータなどを調整しつつ動作を確認している。 [Project T]しかしずっとコンピュータの前に座ってプログラムを書いて…

[Project T]やはり大量のblastは時間がかかる。一晩かかってもぜんぜん終わる気配がない。他の作業も激しく重くなるので、いったん中止して、続きは家のiMac G5にやってもらうことにする。 [Project T]検索結果をチェックするために、ヒットした領域をgnuplo…

[Project T]新たに抽出してきた配列データについて、それらの部分配列がゲノム全体の中でどの程度反復して存在しているかを調べるためのスクリプトを書く。

後期入試の判定会議のため大学へ。

[Project T]さすがに800配列調べるのはきついので、他の絞り込み方法を考える。pirやDADなどのアミノ酸配列databaseから、既知のtransposaseの配列（名前にtransposaseという文字列を含む配列）だけを抜き出してfasta fileを作り、これをデータベースとして…

[Project T]昨晩走らせて帰った検索がタイプミスのために途中で止まっていた（orz）ので、自宅のiMac G5にネットワーク接続して計算させる。ラボのコンピュータでは引き続き種間比較のためのスクリプトを書いて走らせる。基本的にはblast検索結果のテーブル…

[Project T]解析スクリプトにバグがあって線虫の解析がうまくできなかったのでバグ取りをする。単純なタイプミスを修正したらちゃんと動いた。Emacsに慣れていないためのミスか。線虫の結果をみて、カエル、ゼブラフィッシュ、２種の線虫について比較するこ…

[Project T]blastの検索がようやく終わった。 [Project T]もう一つの検索の方が、どこで詰まっているのか調べてみると、やはり正規表現検索の周辺らしい。DNA配列の正規表現検索にかかる時間を計測してみると、配列が長くなると極端に遅くなる。うーん、やは…

[Project T]金曜日から走らせている相同性検索（blastx）がまだ終了しない。土曜日から走らせているもう一つの解析スクリプトも終了しない。 [Project T]とりあえず終わった分の解析結果を眺めて、カエルとの比較対象として手始めに２種の線虫（C. elegansと…

ひきつづきEmacsのお勉強。カーソル移動、文字の挿入削除、コピー＆ペースト、検索置換、バッファ、ウィンドウ、ファイルの操作など、基本を一通り試してみて、参照用にキー操作の一覧表を作る。あとは慣れるまで頑張るしかない。 [Project T]いまの解析のメ…

[Project T]blastx検索にものすごく時間がかかることが判明。一晩計算しても終わる気配がない。まあqueryが大量だから仕方ない。とうてい終わるまで待っていられないのでqueryファイルを分割して、終わったものから次の処理に回すことにする。あいた時間に昨…

[Project F]一昨日からPCRをブンブン回しているが、なかなか良い結果が出ない。今日はプライマーを変えてやってみる。 [Project T]昨日体調が悪くて中断していたblastの結果を解析するスクリプトを書き上げ、解析を続行。パイロット解析はうまく行ったので本…

[Project F]オーバーナイトでPCRした2nd PCRの産物を泳動。今度は出るはずのバンドが出ていない。条件を緩めて再度。 [Project T]昨日走らせて帰った解析の結果を手違いで rm してしまう。 orz 。もう一度解析。３時間ほどかかる模様。 [Project T]再解析の…

[Project F]鋳型のサンプルを精製濃縮し、アニーリング温度等の条件を変えて再度PCR。 [Project T]条件を少し変えながら３度走らせた解析でほぼ同じ結果が出たので、この結果に基づいて次の解析に進む。あまり使ったことがないPerlの関数（readpipeとかsyste…

[Project F]土曜日に抽出したDNAを使ってPCR。1st PCR 30サイクル、2nd PCR 30サイクルで泳動してみると、出ないはずのネガティブコントロールでもバンドが…… orz。条件の検討が必要。 [Project T]カエル（X. tropicalis）ゲノムについては、ほぼ全体像が見…

[Project F]発生したカエル胚を採取して凍結保存。 [Project T]ひきつづき、解析スクリプトを書く。ちょっとアイディアが必要だった部分は昨日クリアしたので、あとはガシガシ書いて動きを確認するだけ。 Y先生から学部教育プログラムを紹介するWebサイトの…

[Project L][Project F]延々と４時間以上、休みなしでカエルの卵に注射していたら、さすがに体力の限界を感じた。 [Project L][Project F]Uが教えてくれた通り、ジェリーがついたままでも卵への注射は可能なようだ。ただ、ジェリーがうまく破れてくれる時と…

１年下の後輩Uが久しぶりにラボに遊びに来た。彼はもともとうちのラボの出身で、大学院で京大の、僕と同じ研究室に移って来た。その後、医学部に再入学して、医者になるための勉強をしている。近況や医学部の様子などを聞く。かれは大学院時代はカエル屋だっ…

某原稿の校正。 [Project F]昨日のPCR産物を鋳型にして、2nd PCR。しかし困ったことに、KOD Plus Polymeraseのバッファが枯渇してしまった（今回の反応にはぎりぎり足りたが。）ストックを探したが無いようだ。PolymeraseよりBufferが無くなるのが早いのは何…

[Project L][Project F]カエル卵への顕微注入、３度目。 [Project F]昨日抽出したDNAを鋳型にPCR。 [Project T]ひきつづき、検索と解析の条件を詰めていく。

[Project F]注射したカエルの胚の残りを凍結し、DNA抽出の処理。 [Project G]ゼブラフィッシュのゲノムDNAを電気泳動でチェック。OK。 [Project T]解析の流れをもう一度再検討し、パラメータを変更して再度解析スクリプトを走らせる。

[Project F]昨日注射したカエルの卵をチェック。前回よりはましだが、好調とは言えない。しかしとりあえずいくつかピックアップして解析用に凍結保存する。

[Project L][Project F]カエル受精卵への顕微注入、再度。今日の卵は調子が良さそう。気持ち良いように注射できる。 [Project G]ゼブラフィッシュのゲノムDNAとりの続き。

[Project L][Project F]昨日のカエルの卵はやはりあまり調子が良くなかったようで、一晩でほぼ全滅。明日もう一度やり直すことにする。 [Project L][Project G]今年の科研費でインジェクションの小道具をいくつか新しく揃えたので、実験手順や器具の配置、ガ…

[Project L][Project F]カエルの受精卵にRNA, DNAの顕微注入。しかし卵の調子がいまひとつ良くない。 [Project T]昨日の解析の続き。

[Project G][Project M]昨日流して帰ったシークエンスの結果を見ると、Gプロジェクトの方（プラスミドtemplate）はおおむね良く読めていたが、Mプロジェクトの方（PCR template）の方はシグナルが強すぎたので、流す量を減らして再度泳動した。 [Project T]…

[Project G][Project M]単離したプラスミドのシークエンス。 [Project T]大量のコピーを含む反復配列ファミリーからコンセンサス配列を作る。まず、反復配列のファミリーから20コピーをランダムに選び、アラインメントし、コンセンサス配列を作る。これを何…