akirahs2005-02-22

  • [Project G][Project M]単離したプラスミドのシークエンス。
  • [Project T]大量のコピーを含む反復配列ファミリーからコンセンサス配列を作る。まず、反復配列のファミリーから20コピーをランダムに選び、アラインメントし、コンセンサス配列を作る。これを何回か繰り返して行ない、各回に作られたコンセンサス配列を比較して、再度コンセンサス配列を作る。これを次の段階の解析に使うことにする。
  • [Project T]午後。次の段階の解析について考える。各ファミリーのコンセンサス配列をformadbして、以前正規表現検索で見つけてきた配列を片端からblastallで検索し、一番似ているファミリーに分類する。この方法でほぼうまく分類できた。ただしいまのところ分類不能な配列も千配列くらい存在するので、次はこれを調べなければならない。