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• [Project T]解析スクリプトの改良。blastx検索のステップでqueriesの数が多すぎて時間がかかるため、queryとtargetを交換してtblastnで検索することにしてみる。解析結果に基づいてヒットした配列をデータベースから抽出してくるシェルスクリプトを新たに書く。結果を図示するPerlのスクリプトは、結果ファイルの参照するカラムを変更するだけでそのまま使えた。これでだいぶ解析時間の節約になりそう。

• [Project T]blastn -> tblastn -> blastnという流れで解析をしていたら、ハードディスクの空き容量が少ないという警告が出た。慌てて調べるとすでに1GBを切っている。たしかに数MBの解析結果ファイルが何百も生成されるので、80GBていどのディスクではすぐに一杯になってしまう。いまはテスト段階なので作業途中のファイルもなるべく残すようにしているのだが、完成したらテンポラリリーな作業用のファイルは消すようにしないといけないだろう。とりあえず過去の不要なファイルを消して10GBほどの空きを確保する。

• [Project G]T Projectで作っているスクリプトを応用してトランスポゾンのTIR探索。