年も押し詰まってから某雑誌からたて続けに２本、査読の依頼がきた。１本目は気軽に受けたが、そのすぐあとにまた同じ雑誌（エディターは別）から依頼が来て、しかもその〆切が１月１日……。まあ以前論文を載せてもらった雑誌なので（リジェクトもされたけど…

去年出したGプロジェクト論文の続きの実験をささっと仕上げて（願わくば！）、夏までには論文にまとめたい。 Tプロジェクトのゲノムデータベースを使った解析論文は（もういい加減）春休み中にはまとめて投稿したい。 Tプロジェクトの別テーマでは、学生さん…

年末の慌ただしい時期に進めていた実験は、必要な材料がみな揃って、さあこれから実験！ という良いところで中断していたので、休み明け、張り切って実験を始める。しかし午には仕事始め式。脳に作用する炭素と水素と酸素の化合物を数パーセントの割合で含む…

上記のUribo2は四足類（Tetrapoda）では初めて見つかった自然状態でアクティブなトランスポゾンシステムだと期待されるので（証明にはもう少し厳密な実験が必要ですが）、分子遺伝学のツールとしてもいろいろと利用が期待できるかもしれません。自分の実験動…

Molecular Biology and Evolution誌の論文、オンラインではしばらく前から読めたのですが、雑誌が発行されてページ数も確定しました。PubMed IDは17934208。ツメガエルからpiggyBacスーパーファミリーに属するTxpBというDNA型トランスポゾンファミリーを見つ…

Rubyの勉強を兼ねて、ルーチン的に使うもろもろのスクリプトを書き進めている。たとえばfasta fileを読み込んである配列モチーフを網羅的に検索するとか、シークエンス名によってシークエンスのサブセットを取得するとか、部分シークエンスを取得するとか、…

審査中の２本の論文のうちGプロジェクト論文がアクセプトとの報せ。複数のプロジェクトを平行して進めてはいるものの、やはりGプロジェクトがここ数年のメインの仕事であり、そのまとめの論文なので格別にうれしい。掲載はMol.Biol.Evol誌。

夏の間は将来の実験のための仕込み（プラスミドコンストラクトづくり）を淡々と。 あとは、in situもやらないといけないね。今夏の目標。

そのこともあって、この夏期休業中にRubyの勉強を少しづつやっている。教科書は『たのしいRuby第２版』。簡単なスクリプト程度ならなんとか書けるようになったので、むかしPerlで書いた「似ている配列同士をクラスタリングする」というプログラムを同じアル…

今年はボスの手伝いでやっていたMプロジェクトの論文がFEBS Letterに１報出た(PMID:17544400)。現在は自分のメインの仕事のひとつGプロジェクトの論文はリバイスの結果まち、それともう一つ共同研究のKプロジェクトの論文もリバイス中ということで、もしこれ…

午前中はイントロン関係のセッションを半分聴いて、高校生のポスター発表を見る。もちろん隙はたくさんあるが、全体的にレベルが高くて驚いた。 午後のプログラムを聴いていると西条に帰り着くのが夜中になるので、昼までで退散。ゲノムとかエボデボとか、聴…

京都は晴れ。ホテルで自転車を貸してくれるというので、ママチャリを借りて８時前に出発。御所から下鴨神社へ向かい、そこからまた鴨川ぞいを南下し、二条あたりからまた北へ向かって洛東をぶらぶら、という感じで気が向くままに２時間ほどポタリング。久し…

京都は雨模様。バスで京大へ。受付を済ませ、佐藤さんに挨拶などしつつ、生物哲学のセッションへ。哲学研究者が何を問題にしているのか、よく分からないという印象を受けた。私の素朴な自然観と科学観によれば、この自然世界で起きている「事実」というのは…

先週は京都で進化学会の大会に参加して来た。今回は口頭発表だったので、いつものポスターよりもお客がずっと多くて気分が良かった。気合をいれてスライドやポスター作っても客が少ないとがっかりするからね。 学会前日。京都入りして、例によって本屋や古書…

今年は（も？）無理かなと思っていた科研費が当たった。萌芽研究。とてもうれしい。 実は昨年も萌芽に申請していた。それはまさに萌芽研究にふさわしいプロジェクトであり、その申請書も相当の自信作で、出す前に見てくれた何人かの人も「とても面白い」とい…

修士論文発表会が終わった。うちのラボの２人のM2生もなんとか無事に発表を終えた。１回目の発表練習の時はどうなることかと思ったが、２人とも頑張って発表までにはきちんと仕上げてきた。お疲れ。 うちの研究科はとにかく幅が広いので、当然、自分の専門と…

修士論文の締め切り前１週間ほどはもの凄く忙しかった。なぜ学生ではなく僕が忙しいのかは謎なのだけど、論文を書いている本人は結構のんびりしていて、指導する方が焦りまくっているという状態。（だって到底締め切りに間に合うとは思えないペースなんだも…

４日から仕事始め。早速実験を開始する。５日にはRT-PCRで良い結果が出て幸先が良い。逆転写プライマーをoligo-dTからrandom primerに変えたらクリアな結果が出た。理由はよく分からない。まあ予備実験なのであまり深く考えずに次のステップへと進むことにす…

年内の実験は今日までとする。新年は４日から営業開始。

大学は短い冬休みに入った。少し落ち着いた気分で仕事ができる。このところ毎日RT-PCRをやっている。条件を定めるのにちょっと手間取っている。40サイクルはさすがに回し過ぎだろう、と思う。他にインジェクションなども少し。しかし卵の調子が良くない。ア…

ようやく学生実習づけの３週間が終わった。先週と今週は２つの教室で別メニューの実習（DNAの制限酵素消化-電気泳動の実習と、ユスリカの唾腺染色体の観察実習）を平行して進めていたため、準備や後片付けが大変だった。 昨日は実習自体はなかったのだが、思…

学生実習は順調に進んでいる。しかし一教室あたり数十人の学生を相手に３時間立ちっぱなしで実験室を歩き回り、その間ほぼずっとしゃべりっぱなし、というのは、とても体力を消耗する。それを３日間。そして来週もまた３日間。 消耗ばかりもしておれず。自分…

ほぼ一日ずっと実習の準備をしていた。かろうじてシークエンスだけ、自分の実験をした。非常に疲労した。昼にメールボックスを見たらボーナスが出たという通知が来ていたが中を開けてみる暇もなかった。

学生実習の合間に実験をするというハードな一週間だった。今日も実験しながら実習用のDNAとり。レポートも百何十枚か採点しないといけないのに手を付けてる時間がない。自分の実験はFプロジェクトのクローニングが進み、今日やったGプロジェクトのサザンブロ…

今日は市の公民館主催の「親子ふれあい教室」という企画で講師を務めた。大学の研究の一端に親子でふれてもらおう、という大学の地域貢献企画のひとつである。「アフリカツメガエルの世界」と題して、小学生くらいの子供と親にカエルを見せながらいろいろと…

近場にCiona（ユウレイボヤかカタユウレイボヤ）が採集できる場所がないかと思って11/3の祝日に竹原のあたりを見て回ってきたのだが、エボヤとシロボヤは見つかったもののCionaはみつからずじまい。 でも天気がよくて気持ちよかった。 このところ絶対増える…

このひと月ほど多忙、というか体はあまり動いていないのだが考えるべきことがあまりに多すぎて、暇さえあれば頭の中でアイディアをひねり回したり資料を検索してまわったりで、日記にまで頭が回らなかった。主に３つのことを考えていた。(1) 懸案だったFプロ…

学会から帰ってからいろいろと慌ただしい。Fプロジェクトの解析が思ったよりもなかなか難しく、というより思いつくアイディアが多すぎて解析スクリプト書きが追いつかず、なかなか前に進まない。他のプロジェクトの解析依頼も入ってくる。 そんな中で学会前…

最終日。発表の日だが、最終日ということで心なしか参加者の数が少ないように見える。自分の発表は両生類、爬虫類の動物地理学、系統学の間に挟まるように配置されている。ちょっと（だいぶ？）浮いているような気がするが、他に似たような発表がないので、…

会場へ向かうため、ホテル近くのバス停へ行きバス時刻を見ると、ちょうど前のバスが出たばかりらしい。土曜日なので本数も少なく十分以上待ち時間がある。仕方なく待っていると先輩のFさんがやってきたので世間話をしつつバスを待つ。バスの中でも最近やって…