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• Intel iMacに移行したのは良いが、バイオインフォマティクス関係の主要なソフトウェアをインストールし直さないといけないのが大変だった。先週は学生実習もあってなかなかまとまった時間がとれず、空き時間に少しづつ作業をして、土曜日になってようやく一段落した。以下、おおざっぱな作業メモ。
  • まず何はともあれXcode。アップルのサイトからv2.3をダウンロードしてインストール。
  • blast : ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/executables/からblast-2.2.14-universal-macosx.tar.gzをgetしてインストール。
  • fasta : ftp://ftp.virginia.edu/pub/fasta/からfasta21u1d1.shar.Zをgetしてインストール。
  • clustalw : ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/unix/clustalw/からclustalw1.82.mac-osx.tar.gzをgetしてインストール。

• ここまでは特に問題もなく進んだが、embossをインストールするのに苦労した。
  • まず古いFinkを消して、Intel Mac用のFink（Fink-0.8.1-Intel-Installer.dmg）をgetしてインストール。次にFinkでxfree86をインストールし、emboss 3.0.0-101をSourceからインストールしようとするが、うまくいかない。
  • 仕方ないのでembossのサイトからEMBOSS-3.0.0.tar.gzをftpでgetしてきて、展開してmakeしてみるがやはりうまくいかず。
  • いろいろと試行錯誤を繰り返して、結局、Finkとxfree86をいちど消して、Finkを再度入れ直し、”fink selfupdate-rsync”した後に、Mac OS XのインストールdiskからX11SDKとX11をインストールしておいて、その後　"fink install emboss" したらちゃんとインストールしてくれた。
  • しかしNet上でいろいろと検索しまくって情報を集め、ようやくインストールまでこぎ着けることができたが、そういう情報がなければ完全にお手上げだった。Google様々だ。
  • R-2.3.1は問題なくインストールできた。
  • やれやれ。これで仕事ができる。

• 先週はものすごく久しぶりにdigのプローブを作って、今週はゲノミックサザンをやっている。