Works
朝から真面目に学会に出る。午前中はずっとD会場で通しで発生の口演を聴く、つもりが、途中いくつかの口演が取り消しになり、隣の会場を覗いたりもする。午後は遺伝の会場でメダカの性決定の話をだいぶ聴いて、その後、行動、生態の会場で最後まで。 夕方は…
動物学会松江大会の第一日目。今回は久しぶりに同居人も同行。彼女が学生時代にお世話になった技官の方が動物学会から感謝状をもらうので、そのお祝いの会があるのだ。 この日のプログラムは午後からで14:00までに会場に着ければ良い。朝に自宅を出て広島市…
ちょっといきづまり気味だったFプロジェクトについて、ドイツの共同研究者から「これちょっとデータベースで調べてみてくれない？」という提案があった。このところカエルのデータベースしか使っていなかったので他の種のデータをアップデートしていなかった…
そうこうするうちに動物学会も目前に迫ってきたのでスライド作りを進める。一通りできた。しゃべる内容も原稿に書いてみた。しかし12分で終わるか？ ちょっと（だいぶ）厳しそうな感じ。一度練習してみなくては。 設計したプライマーを注文する。キャンペー…
トランスポゾン挿入サイトのクローニングのためのプライマーの設計。データベースからトランスポゾン、それもなるべく「元気そうな」形を保っているコピーを選んで、その両側の配列を調べ、その配列がユニーク配列である（反復配列ではない）ことを確認し、…
プライマー設計のためのスクリプトを書いて走らせる。そうこうしているうちに、ちょっと頭が疲れてきたので気分転換のために動物学会のスライドを作る。PowerPointは、久しぶりにちょっといじってみたが、やはり使い勝手が悪い（僕の直観に反する）ので、Key…
仕事の情報整理用にWikiを使おうと、以前PukiWikiを導入したのだが、サーバにしていたiMacが壊れて以来、そのまま放置していた。しかし解析データ、実験データ、研究資料が増えてくると山積した情報の中から必要な情報を掘り出すのにも一苦労なので、やはり…
学会最終日。夜は遅いが朝も遅い学会である。あと３０分前にずらせばちょうど良いと思うのだが、そうできないのは会場の都合かしら？ ということでまたのんびりとでかけてホテルの近くのカフェで朝飯を食い、ぶらぶらと会場へ歩いていく。シンポジウムが始ま…
午前中は「ゲノム科学が拓く生殖隔離と種分化機構の研究」というシンポジウムを聴く。反復配列やエピジェネティクスが種分化に関わっていそうな話をいくつか聴けたのが収穫だった。 午後はポスター発表。相変わらずお客さんは少ないのだが（orz）、聴いてく…
13:30から種分化に関するシンポジウム。そのあと総会、学会賞（木村賞）の受賞者講演。今年の学会賞は高畑尚之博士。講演は木村資生博士の思い出を交えながら、ご自身の仕事である偽遺伝子の進化や、ヒトや類人猿の祖先の集団構造の推定の話など。
最近はGプロジェクトのシークエンス解析とサザンブロットを毎日やっている。シークエンスの方は学会発表のネタには使わない（多分）と思うが、サザンの方は間に合ってくれると良いなあと思う。説明がクリアになるし。まあいずれにしろ論文にするときには必要…
サザンブロットの結果はいま一つ。短いバンドは見えるが、長いものが見えない。きっとトランスファーの問題だろう。バンドは長いものでも4kb程度と予想されるので塩酸での前処理をスキップしたのだが（プロトコルには5kb以下なら必要ないと書いてある）、や…
昨日、今日と、お盆休みで大学は閑散としている。今年は省エネルギー対策とかで事務関係も14-16日は一斉に休みだという。こちらはすでに夏休みはとり終えているので普通に仕事をしている。進化学会前でもある。今のデータでも発表はできるがもう一つ二つのデ…
進化学会前にやっておきたいことが色々あって悩ましい。今日の作業は、昨日PCRで増やしたDNAを鋳型にシークエンス反応をして、カエルのゲノムDNA取りをして、ちょっとしたスクリプトをPerlで書いて、学会発表用のポスターを直して、といったところ。 スクリ…
Intel iMacに移行したのは良いが、バイオインフォマティクス関係の主要なソフトウェアをインストールし直さないといけないのが大変だった。先週は学生実習もあってなかなかまとまった時間がとれず、空き時間に少しづつ作業をして、土曜日になってようやく一…
立ち上がらなくなってしまったiMac G4の代わりとして購入した新iMac (Intel)が届いた。これでやっとまともに仕事ができる。大規模なゲノムデータと解析結果を保存するためにHDDは500GBにして、計算の効率を考えてメモリは2GB積んだ。いま古いMacからターゲッ…
今週は学生実習があったのでその合間に実験をしていた。ずっとやっていたプラスミド作りはようやくやっと目的のものができたようで一息ついた。もう一つ、先週届いた新しいプライマーもちゃんと働いてくれたので、今週はその実験も進めていたのだが、馬鹿み…
[Project G]プラスミド作りが混迷してきた。予想外のことがいろいろ起こっている。こういう時は実は、これまでの作業の成果はすぱっと諦めて最初からやり直した方が結局速かったりするものだ。やり直すついでに今後やろうと計画していた実験の予備実験を組み…
広島で開かれるということで久しぶりに参加した発生学会。トランスポゾン関係やホヤ関係など、自分にとって面白い話もいくつか聴けたが、学会全体のトレンドは自分の嗜好とはだいぶ隔たりがあるなあと感じて帰ってきた。動物学会や進化学会では、想定の範囲…
明日から広島市内で発生生物学会。発生からほとんど離れかけているのでもう数年くらい発生学会には出ていないのだが（時期も悪いし）今回は広島なので参加してみる。
Gプロジェクトのために作ったプラスミドクローンの制限酵素のパターンが不穏なのでシークエンスで確認しようと思ったがそのベクターに対するプライマーがないので、まずベクターの配列を調べ、プライマーを作って、シークエンスしてみた、というのが今週の主…
総合科学研究科の設置記念シンポジウム『越境のアドベンチャー』を聴きに行った。演者のひとり、国際日本文化研究センターの小松和彦氏の話が面白かった。文化人類学/民俗学を志したきっかけ、若い頃にたまたま高知県のある村へ調査に入ってそこで「いざなぎ…
朝イチで定期健康診断。血液検査、心電図、胃のレントゲン検査など。 夕方からプログラムの新人歓迎会。総合科学部は１年生時は特定の教育プログラムには所属せず、２年生に移るときに教育プログラムを選択する。（理系入試で入って文系の分野に進むのも、文…
今回の学生実習は今日で終わり。次はW杯もたけなわの６月の下旬。
学生実習（ゾウリムシの観察）。去年作ったスライド（Keynote）を手直しして、材料を準備して、TAと打ち合わせをして、で午前中と昼休みがつぶれる。午後から実習。ほぼ順調に終了。今年の学生はおおむね真面目にやってくれていた。去年のこの学部のクラスで…
[Project G]dsRNA合成用ベクターは３種類とも完成。mRNA合成用ベクターも１種類は率が悪くてちょっと手間取ったが何とか２種類とも出来たようだ。明日は大量培養して明後日精製する。 [Project T]今週あたまからずっと試行錯誤していた解析プログラムだが、…
シークエンスを泳動して結果を見る。なにか変だなと思ったら、シークエンスすべきクローンを１つ間違えていたorz。反応をやり直し。 M project の結果のまとめ。 連休中にずっと考えていたG Project の解析ストラテジーの一つをPerlのコードに書き下ろし、走…
G projectのプラスミドのチェックのためにシークエンス反応。泳動は来週。
[Project G]作っていたdsRNA合成用のベクター、制限酵素でチェックしてみたら、最後の１種類もたぶん出来たようなので、連休明けにシークエンスチェックする。昨日トランスフォームしたmRNA合成用のベクターの方もコロニーはたくさん生えたので、連休明けに…
大型連休の初日であるが、放射性同位元素使用者の再教育訓練というのが午後からあるので大学に出てきた。ついでに実習の準備（ゾウリムシの植え継ぎ）と、サブクローニング作業の続きを少しやる。 ３種類作っていたクローンのうち、２種類はうまくできたのだ…
